Αν και η βυζαντινή μνημειακή τοπογραφία έχει καταγραφεί συστηματικότερα από ότι οι προβυζαντινές θέσεις, ενδείξεις κατοίκησης στην ευρύτερη περιοχή των Πρεσπών εντοπίζονται ήδη από τη Νεολιθική εποχή, ενώ έχουν καταγραφεί και αρχαιολογικά ευρήματα που χρονολογούνται στις εποχές του Χαλκού και Σιδήρου. Τα αρχιτεκτονικά σπαράγματα που βρίκονται διάσπαρτα στο νησί του Αγίου Αχιλλείου καθώς και επιγραφές, μαρτυρούν την ύπαρξη οικισμού της ελληνιστικής-ρωμαϊκής εποχής, κατά πάσα πιθανότητα με την ονομασία "Λύκα". Οι δύο λίμνες, που στην αρχαιότητα καταγράφονται ως Μικρή και Μεγάλη "Βρυγηίς" υπήρξαν από τον 5ο αι. π.Χ. τμήμα της επικράτειας του μακεδονικού κράτους ενώ αργότερα αποτέλεσαν έδαφος της ρωμαϊκής επαρχίας του Ιλλυρικού.
Από τον 9ο αι. μ.Χ. οι Πρέσπες εμπίπτουν στην επικράτεια εδαφικής διεκδίκησης και ανταγωνισμού μεταξύ Βούλγαρων και Βυζαντινών. Στα τέλη του 10ου αιώνα ο Βούλγαρος Τσάρος Σαμουήλ έκανε τη Πρέσπα επίκεντρο της εξουσίας του, επιλέγοντάς τη για έδρα των ανακτόρων του και ιδρύοντας τη Βασιλική του Αγίου Αχιλλείου στην ομώνυμη νησίδα όπου και μετάφερε τα οστά του Αγίου, από τη Λάρισα. ο Βασίλειος ο Β' απώθησε τον Σαμουήλ επαναφέροντας τη βυζαντινή κυριαρχία στη περιοχή και σύμφωνα με τις μαρτυρίες έκτισε στη περιοχή δύο φρούρια, τη "Βασιλίδα" και το "Κωνστάντιον".
Μετά από μια περίοδο κατά την οποία η περιοχή γνώρισε διάφορους επιδρομείς και κατακτητές (Βούλγαρους, Νορμανδούς, Αλαμάνους, Φράγκους και Σέρβους), στα τέλη του 14ου αιώνα πέρασε, όπως και το σύνολο της Δυτικής Μακεδονίας στην επικράτεια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Διοιηκητικά η Πρέσπα ανήκε αρχικά στο σαντζάκι και αργότερα βιλαέτι του Μοναστηρίου (Μπίτολα) ενώ στις αρχές του 19ου αιώνα πέρασε στην επικράτεια του Αλή Πασά. Καθώς ωστόσο, η παρουσία της κεντρικής οθωμανικής εξουσίας δεν υπήρξε ιδιαίτερα αισθητή τη κυριαρχία άασκούσαν τοπικοί άρχοντες ενώ ταυτόχρονα αναπτύχθηκε μια μακρόχρονη μοναστική παράδοση η οποία αποτυπώθηκε στις μονές, τους ναούς και τα ασκηταριά γύρω από τις λίμνες.
Από τα μέσα 19ου αιώνα, ταυτόχρονα με τον αγώνα κατά της Οθωμανικής Κυριαρχίας, αναπτύσσονται τα εθνικοαπελευθερωτικά κινήματα και ο ελληνοβουλγαρικός ανταγωνισμός για τη Μακεδονία. Στην επανάσταση κατά των Τούρκων το 1878 αλλά και κατά τον Μακεδονικό αγώνα αναδείχθηκαν αγωνιστές από τη περιοχή όπως οι Νίκος και Στέφανος Νταλίπης από το ορεινό χωριό της Σφήκας, ο Καπετάν Κώτας από τη κοιλάδα των Κορεστίων Κορέστια και πολλοί άλλοι. Κατά τη διάρκεια του Α' Παγκοσμίου Πολέμου η περιοχή βρέθηκε υπό τον έλεγχο Γαλλικών στρατευμάτων. Με τη συνθήκη του Βουκουρεστίου το 1913, το νότιο τμήμα των λιμνών κατοχυρώθηκε στην Ελλάδα ενώ τα σημερινά σύνορα οριστικοποιήθηκαν το 1924. Την ίδια περίοδο (1923-1924) τέσσερα χωριά της Πρέσπας (Λευκώνας, Λαιμός, Άγιος Γερμανός, Πύλη) δέχτηκαν οικογένειες προσφύγων από τον Πόντο. Λόγω των εμπορικών συναλλαγών με τα αστικά κέντρα αλλά και των εισοδημάτων τα οποία προέρχονταν από τους μετανάστες, κατά τον Μεσοπόλεμο η Πρέσπα γνώρισε μια σχετική ακμή, η οποία και δικαιολογεί το κτίσιμο πολλών σπιτιών αστικού τύπου κυρίως στον οικισμό του Άγιου Γερμανού.
Κατά τη δεκαετία του 40 η Πρέσπα γνώρισε τις δραματικές συνέπειες όχι τόσο της Κατοχής αλλά κυρίως του ελληνικού εμφυλίου κατά τον οποίο η περιοχή ελεγχόταν από τους αντάρτες του Δημοκρατικού Στρατού ενώ, -ιδιαίτερα κατά τη τελική του έκβαση- βρέθηκε πολύ κοντά στη γραμμή των εχθροπραξιών (στην οροσειρά του Γράμμου και το Βίτσι). Μετά τον εμφύλιο, χωριά ερήμωσαν (Δασερή, Κρανιές, Αγκαθωτό, Πυξός, Σφήκα) ενώ πολλοί κάτοικοι εγκατέλειψαν τη περιοχή ως πολιτικοί πρόσφυγες.
Είναι χαρακτηριστικό ότι ενώ πριν από τον πόλεμο στα γύρω χωριά κατοικούσαν σχεδόν 7000 (6880 κατά την απογραφή του 1940) Πρεσπιώτες, κατά την απογραφή του 1951 καταγράφονται μόλις 1500 κάτοικοι. Ο εποικισμός κάποιων χωριών από Βλάχους κτηνοτρόφους της Ηπείρου, της Μακεδονίας και της Θεσσαλίας που έγινε το 1953τόνωσε δημογραφικά τη περιοχή μόνο παροδικά καθώς δεν ήταν αρκετός για να αναστρέψει τις τάσεις μετανάστευσης και γήρανσης του πληθυσμού.
Τα τελευταία χρόνια ωστόσο, καθώς η Πρέσπα έχει αναδειχθεί σε περιοχή διεθνούς ενδιαφέροντος, ενθαρρύνοντας την ανάπτυξη εναλλακτικών οικονομικών δραστηριοτήτων και μορφών τουρισμού και προσελκύοντας όλο και περισσότερους επισκέπτες, υπάρχουν κάποιες πρώτες ενδείξεις δημογραφικής ανάκαμψης.
Τα όρια του Δήμου Πρεσπών περιλαμβάνουν σήμερα 17 κατοικούμενους και 6 ερειπωμένους οικισμούς εκ των οποίων οι 5 εγκαταλείφθηκαν αμέσως μετά τον Εμφύλιο πόλεμο. Οι περισσότερο οικισμοί βρίσκονται στο λεκανοπέδιο των Πρεσπών και έχουν αναπτυχθεί σε οπτική επαφή με τις δύο λίμνες, είτε παραλίμνια (Μικρολίμνη, Άγιος Αχίλλειος, Ψαράδες) είτε στους πρόποδες του Βαρνούντα (όπως η Καλλιθέα ή ο Άγιος Γερμανός) με εξαίρεση το αποκλειστικά ορεινό Βροντερό. Εκτός της λεκάνης των λιμνών βρίσκουμε τα χωριά της κοιλάδας των Κορεστείων (Πράσινο, Τρίγωνο) καθώς και το Πισοδέρι στο ορεινό πέρασμα της Βίγλας.
Η δημογραφική κατάσταση και η οικιστική τοπογραφία υπήρξε αρκετά διαφορετική πριν από τον πόλεμο και ιδιαίτερα στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ου αιώνα οπότε και κτίστηκαν αρκετά σπίτια και εκκλησίες, ενώ περισσότερα ήταν τα κατοικούμενα χωριά που βρίσκονταν σε άμεση επαφή με τη λίμνη (όπως οι Κρανιές, το Αγκαθωτό και η Δασερή). Είναι ενδεικτικό ότι ο Γάλλος περιηγητής Πουκεβίλ κάνει λόγο στις αρχές του 19ου αι. για 46 χωριά στην ευρύτερη λεκάνη των Πρεσπών, κατοικούμενα από 2500 οικογένειες ή 11500 άτομα. Οικοδομική δραστηριότητα παρουσιάστηκε επίσης μετά την απελευθέρωση από τους Τούρκους και κατά την περίοδο του Μεσοπολέμου κυρίως λόγω της οικονομικής ενίσχυσης που προερχόταν από τους απόδημους Πρεσπιώτες που είχαν μεταναστεύσει στο εξωτερικό (κυρίως στην Αμερική). Η εικόνα της σχετικής αυτής ευημερίας αποτυπώνεται και στα δημογραφικά στοιχεία καθώς στην απογραφή του 1940 ο οικισμός του Λαιμού έχει σχεδόν χίλιους κατοίκους, οι Ψαράδες πάνω από εφτακόσιους ενώ ο Άγιος Γερμανός ξεπερνά τις δύο χιλιάδες με το συνολικό πληθυσμό των χωριών να πλησιάζει τις εφτά χιλιάδες.
Μετά τον εμφύλιο πόλεμο πολλά σπίτια ή και ολόκληρα χωριά εγκαταλείφθηκαν ενώ κατά τη δεκαετία του 1950 (οπότε και κάποια χωριά εποικίστηκαν από Βλάχους κτηνοτρόφους) παρατηρήθηκε περιορισμένη μόνο ανοικοδόμηση. Η γενικότερη εγκατάλειψη στις επόμενες δεκαετίες είχε ως συνέπεια την εν μέρει διατήρηση κάποιων αρχιτεκτονικών στοιχείων στην αυθεντική τους μορφή αλλά και τον κίνδυνο κατάρρευσης και ερείπωσης για αρκετά αξιόλογα κτίσματα. Σήμερα γίνονται προσπάθειες ανάδειξης της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς ενώ η ανάπλαση κάποιων παλιών σπιτιών σε παραδοσιακούς ξενώνες τονώνει τον οικιστικό ιστό των οικισμών χωρίς να αλλοιώνει τη φυσιογνωμία τους.
Μακριά από διαδικασίες έντονης αστικοποίησης, η περιοχή έχει διατηρήσει μέχρι σήμερα χαρακτηριστικές μορφές της παραδοσιακής αρχιτεκτονικής, κάποιες από τις οποίες αποτελούν τοπικές ιδαιτερότητες. Σήμερα, δύο οικισμοί των Πρεσπών έχουν αναγνωριστεί ως παραδοσιακοί οικισμοί και βρίσκονται υπό καθεστώς σχετικής προστασίας ως προς την αρχιτεκτονική τους φυσιογνωμία: οι Ψαράδες στις όχθες της Μεγάλης Πρέσπας και ο Άγιος Γερμανός στους πρόποδες του ορεινού όγκου του Βαρνούντα. Τα περισσότερα χωριά της ευρύτερης περιοχής ωστόσο, παρουσιάζουν ενδιαφέροντα στοιχεία ως προς τη τοπική αρχιτεκτονική και τις τεχνικές κτισίματος όπως εξελίχθηκαν κατά τους δύο προηγούμενους αιώνες.
Τα σπίτια των Πρεσπών, ανάλογα με τη παραδοσιακή λειτουργική τους χρήση, παρουσιάζουν διάφορους συνδυασμούς υλικών και τεχνοτροπιών δόμησης. Στις περισσότερες περιπτώσεις το ισόγειο προορίζεται για τα ζώα του σπιτιού και τους αποθηκευτικούς χώρους, ενώ εξωτερική σκάλα οδηγεί στο χαγιάτι του πάνω ορόφου όπου βρίκεται ο "οντάς" και τα άλλα δωμάτια. Στο παρελθόν, καθώς τα σπίτια εφάπτονταν ή επικοινωνούσαν μέσω εσωτερικής αυλής, δημιουργούνταν πατριαρχικοί "μαχαλάδες"; όπου συμβίωναν δύο ή και τρείς οικογένειες. Τα υλικά που χρησιμοποιούνταν ήταν άψητα συνήθως -στεγνωμένα στον ήλιο- πλιθιά και λάσπη ως επίχρισμα στους τοίχους, πέτρα -κυρίως στα θεμέλια- και ξυλεία τοπικής προέλευσης (δρυς, οξυά και κέδρος στον οικισμό των Ψαράδων) σε όλο το σκελετό του σπιτιού, από τα στηρίγματα και τη σκάλα μέχρι το χαγιάτι, και τη στέγη. Εκτεταμένη ήταν επίσης η χρήση του καλαμιού και των πλεγμένων κλαδιών στα δάπεδα, τις στέγες και τα χωρίσματα. Σε οικισμούς με μεγαλύτερο πληθυσμό όπως ο Λαιμός, ο Άγιος Γερμανός, οι Ψαράδες, η Καλλιθέα ή και το Ανταρτικό οικοδομήθηκαν, ιδιαίτερα στια αρχές του 20ου αιώνα μεγάλα, λιθόχτιστα διόρωφα σπίτια "αστικού" τύπου, κάποιες φορές με πλούσια ξυλόγλυπτη διακόσμηση. Γενικότερα, μπορούμε να ξεχωρίσουμε τρείς βασικούς τύπους ως προς το κτίσιμο των σπιτιών.
Μέχρι τις πρόσφατες δεκαετίες, στο σύνολο των παραγωγικών δραστηριοτήτων στα χωριά των Πρεσπών -τόσο στη γεωργία και τη κτηνοτροφία όσο και στην αλιεία- χρησιμοποιούνταν σχεδόν αποκλειστικά παραδοσιακές πρακτικές και τεχνικές κατασκευής, μέσω των δεξιοτήτων και γνώσεων που σώζονταν προφορικά, από γενιά σε γενιά. Σήμερα μπορεί να συναντήσει κανείς σε παλιά σπίτια της περιοχής παραδοσιακά αγροτικά εργαλεία, σκεύη αποθήκευσης και μαγειρικής, υφαντά και ενδύματα. Σημαντικό υλικό της τοπικής μικροτεχνίας υπήρξε πάντα το καλάμι και τα κλαδιά (συνήθως από κέδρο) τα οποία χρησιμοποιούνται για φράκτες και χωρίσματα (καλαμωτές) στα δάπεδα και στις στέγες των σπιτιών αλλά και για τη καλαθοπλεκτική. Το πλέξιμο καλαθιών (κοφινιών) από κλαδιά κέδρων ήταν μια κοινή πρακτική στο παρελθόν, σήμερα ωστόσο οι εμπειρικοί τεχνίτες όλο και λιγοστεύουν. Τα τελευταία χρόνια γίνονται προσπάθειες για την ανάδειξη και την αναβίωση αυτών των τεχνικών και της κατασκευής των παραδοσιακών προϊόντων της περιοχής.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι τεχνικές, οι τρόποι και τα εργαλεία του ψαρέματος, στοιχεία αναπόσπαστα ενός παραδοσιακού πολιτισμού άμεσα συνδεδεμένου ως προς την επιβίωσή του με τις λίμνες, ειδικά στη περίπτωση των παραλίμνιων οικισμών όπως οι Ψαράδες. Οι "πλάβες", οι πισσαρισμένες βάρκες που και σήμερα χρησιμοποιούνται στο ψάρεμα -συναντά κανείς αρκετές στις παραλίες των Ψαράδων και της Μικρολίμνης- διακρίνονται για τη ξεχωριστή τους μορφολογία και τον τρόπο κατασκευής τους. Στη Πρέσπα επίσης αναπτύχθηκαν και ήταν σε χρήση μέχρι πολύ πρόσφατα μοναδικοί τρόποι αλιείας όπως τα "πεζόβολα" τα "κέδρα" (σωροί από κλαδιά κέδρων) ή οι "κότσες" (παγίδες φτιαγμένες από καλάμια).
- Τα μνημεία των Πρεσπών, Δ. Ευγενίδου, Ι. Κανονίδης, Θ. ΠαπαζώτοςΥπουργείου Πολιτισμού, 1991 (Β' Έκδοση 1995)
- Ενιαίο Δίκτυο Αρχαιολογικών Χώρων Μακεδονίας, Ταμείο Αρχαιολογικών Πόρων, Αθήνα, 2003
- Η Βασιλική του Αγίου Αχιλλείου στη Πρέσπα, Ν.Μουτσόπουλος, Εκδόσεις Επίκεντρο (πρώην Παρατηρητής), 1999