Αναλυτικά καταγεγραμμένα στοιχεία υπάρχουν μόνο για την περιοχή του Εθνικού Δρυμού Πρεσπών, στον οποίο παρατηρείται και η μεγαλύτερη βιοποικιλότητα.

Με βάση τα στοιχεία της «Ειδικής Περιβαλλοντικής Μελέτης Της Περιοχής Πρεσπών» και του «Χωροταξικού Σχεδίου Της Περιφέρειας Δυτ. Μακεδονίας», στην περιοχή του δρυμού διακρίνονται δύο διαφορετικής υφής και ανεξάρτητα μεταξύ τους οικοσυστήματα τα υδάτινα και χερσαία, το καθένα από τα οποία αντιπροσωπεύει και μια ξεχωριστή βλάστηση.

Υδάτινα οικοσυστήματα

Η βλάστηση του υγροβιότοπου της Μικρής Πρέσπας διακρίνεται σε τρεις διαπλάσεις:

Η βλάστηση των υδρόβιων πλευστόφυτων

Η διάπλαση των βενθικών υδροφύτων

Οι διαπλάσεις των ελοφύτων

Χερσαία οικοσυστήματα

Η βλάστηση του χερσαίου χώρου είναι πολύμορφη. Η ποικιλία της βλάστησης οφείλεται στη διαφοροποίηση που υπάρχει γενικά στην περιοχή του Δρυμού και τη δημιουργία μεγάλου αριθμού βιοτόπων, που προήλθαν από την επίδραση πολλών παραγόντων, όπως κλιματοεδαφικοί, οριογραφικοί και ανθρωποζωογενείς. Οι φυτικές διαπλάσεις διακρίνονται ως εξής:

Διαπλάσεις φυλλοβόλων, αειφύλλων και κωνοφόρων δασών

• Φυλλοβόλα και αειθαλή δάση χαμηλού υψομέτρου
• Φυλλοβόλα δάση Δρυός
• Φυλλοβόλα δάση Οξυάς
• Μικτά δάση Οξυάς - Ελάτης

Λιβαδικές διαπλάσεις

• Λιβάδια πεδινών περιοχών και παραλίμνια υγρολίβαδα
• Λιβάδια δασικών περιοχών
• Υπαλπικά λιβάδια
• Αλπικά λιβάδια
• Βλάστηση ειδικών βιοτόπων

Χλωρίδα Εθνικού Δρυμού

Η χλωρίδα του Εθνικού Δρυμού είναι πλούσια και σημαντική. Υπάρχουν είδη τα οποία έχουν αξιόλογη οικολογική αξία. Έχουν καταγραφεί 1249 αυτοφυή είδη. Από τα 1249 είδη τα 17 είναι πτεριδόφυτα και τα 1232 σπερματόφυτα, τα οποία αντιπροσωπεύονται από 11 γυμνόσπερμα, 100 δικοτυλήδονα και 214 μονοκοτυλήδονα. Τα είδη αυτά κατατάσσονται σε 467 γένη και 111 οικογένειες.

Στη χλωρίδα του δρυμού περιέχονται 24 ενδημικά και 31 μη ενδημικά είδη. Υπάρχουν ακόμη 36 είδη που διέπονται από καθεστώς διεθνούς προστασίας Red Data IUEN (1982) και προστατεύονται από την ανάλογη νομοθεσία (Π.Δ. 67/1981). Τα είδη αυτά κατατάσσονται στις παρακάτω κατηγορίες:

Είδη ευπρόσβλητα, υπό απειλή εξαφάνισης (2)

Είδη σπάνια, υπό προστασία (11)

Είδη σε σχετική επάρκεια, μη απειλούμενος προς το παρόν (5)

Είδη προστατευμένα, χωρίς διαβάθμιση απειλής (17)

Πανίδα Εθνικού Δρυμού

Η περιοχή παρουσιάζει μεγάλη ποικιλότητα ειδών, πληθυσμών και βιοκοινοτήτων, διότι εξασφαλίζει τροφή, κατοικία, νερό και ικανοποιεί τις ανάγκες για πολλά είδη ζώων. Ο δρυμός θεωρείται από τους πιο σημαντικούς βιότοπους τόσο στον ελλαδικό χώρο, όσο και στον διεθνή. Ειδικότερα στην περιοχή διαβιούν τα κάτωθι είδη σπονδυλωτών:

Θηλαστικά

Συναντώνται περίπου 46 είδη. Η οικολογική αξία της περιοχής αποδεικνύεται και από την ύπαρξη σπάνιων και απειλούμενων με εξαφάνιση θηλαστικών, όπως είναι η Αρκούδα, ο Λύκος, η Βίδρα, το Κουνάβι, ο Ασβός και η Αγριόγατα. Είκοσι τρία είδη προστατεύονται από διεθνείς ή ευρωπαϊκές συμβάσεις και 15 από την ελληνική νομοθεσία.

Αμφίβια

Συναντώνται 11 είδη αμφιβίων (1/4 όλων των ειδών στην Ελλάδα), αριθμός που θεωρείται υψηλός για τα ελληνικά και ευρωπαϊκά δεδομένα

Ερπετά

Ο αριθμός των ειδών των ερπετών που έχει καταγραφεί στην περιοχή της Μικρής Πρέσπας και ιδιαίτερα στην περιοχή του δρυμού, φθάνει τα 22. Πρόκειται για δύο είδη χελωνών, εννιά είδη σαυρών και εννιά είδη φιδιών. Τα είδη των ερπετών της περιοχής είναι κεντροευρωπαϊκού τύπου και μερικά με μεσογειακή κατανομή.

Ψάρια

Στη Μικρή Πρέσπα υπάρχουν 23 είδη ψαριών που ανήκουν σε 7 οικογένειες. Καθώς και 2 υβρίδια. Έντεκα από αυτά δεν είναι ιθαγενή, αλλά έχουν εισαχθεί και 7 από τα ιθαγενή είδη είναι ενδημικά. Στο σύνολο των ειδών, οχτώ θεωρούνται σημαντικά.

Πτηνά

Η ορνιθοπανίδα της Μικρής Πρέσπας και της ευρύτερης περιοχής του δρυμού αντιπροσωπεύεται από 261 περίπου είδη, 183 από τα οποία θεωρούνται σημαντικά. Τα 81 από αυτά προστατεύονται από διεθνείς συμβάσεις (Οδηγία ΕΟΚ 79/409/ΕΟΚ). Απειλούμενα είδη με εξαφάνιση, που συναντάται στην περιοχή είναι ο Αργυροπελεκάνος, ο Ροδοπελεκάνος και ο Αργυροτσικνιάς.